EC-CUBEをインストールする際にうまく動かない要因は主に次の3つに集約される気がする。

【１】DBのバージョン

MySQLのバージョンが古く（特に多いのが4.0系）、インストール時にエラーが出るケース。
EC-CUBEはサブクエリを使用しており、MySQL4.1以降じゃないと対応していない。安価なレンタルサーバは MySQL4.0系 を採用している場合が多く、ほとんどが動かない。（PostgreSQLを採用している格安サービスは少ない）

【２】文字コード

EC-CUBEの文字コードは EUC-JP。最近は UTF-8 が普及してきており、DBの文字コードと一致しないままインストールするとうまく動かないことがある。
このケースは、インストールはうまく行ったように見えるけど、アクセスしてみると文字化けや白紙ページが表示されることが多い。

【３】ファイル所有者、権限

最後にもう1点、ファイルの書き込み権限がない（ファイルオーナーが違うなど）こともよくある。
インストール時には権限がないと次のステップに進めないのでわかりやすいが、何かの拍子に（例えばファイルのコピーなど）権限が変わってしまうとエラーが出たりする。
Smartyのキャッシュディレクトリや、画像のアップロード先などがこれに該当することが多い。

もしうまく行かなかったら、まずはこれらを疑ってみると良いと思う。で、EC-CUBE開発コミュニティサイトを調べて見ると、けっこう解決する。

■開発コミュニティサイト
http://xoops.ec-cube.net/

EC-CUBE はプログラムはPHPで書かれている。
で、表示の部分は Smarty というテンプレートエンジンを採用しているわけだが、このファイルがいくつか点在しているため、プログラミングに不慣れな方はデザイン変更に必要なファイルを探すのに一苦労なようだ。

Smarty のテンプレートはファイル拡張子が .tpl となっている。

■基本3兄弟（トップ、一覧、詳細）

トップページ、カテゴリ一覧ページ、商品詳細ページの3つは

（EC-CUBEをインストールした場所）/html/user_data/templates

に [top.tpl] [list.tpl] [detail.tpl] というファイル名で存在する。

■ヘッダとフッタ

（EC-CUBEをインストールした場所）/html/user_data/include

[header.tpl] [footer.tpl]

■買い物カゴや新着情報など、トップページのブロック

（EC-CUBEをインストールした場所）/html/user_data/include/bloc

[cart.tpl] [news.tpl] など

　　　　－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－

ここまでは多くの方が見つけられるようだ。

bodyやheadなど、全体に関するテンプレートは全く別のところにある。

■bodyタグなど

（EC-CUBEをインストールした場所）/data/Smarty/templates

[site_frame.tpl] [site_main.tpl]

metaタグを修正したい場合は上記ファイルを開けばわかる。

■その他、トップページなどに含まれないもの

買い物カゴの中身や問い合わせフォームなどを修正したい場合はURLを見ながら

（EC-CUBEをインストールした場所）/data/Smarty/templates

の下を探していけば、それっぽいファイルがあるはず。
これらを知っていれば、EC-CUBEのデザインを修正する際に必要なファイルはほとんどおさえられると思う。